不孕
约有50%左右内异症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30-40%患内异症。内异症患有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起；而一旦怀孕则异位内膜受到抑制而萎缩，对内异症起到很好的治疗，习惯性流产病例中有部分为子宫内膜异位症所致。
痛经
内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，甚至痛得“滚炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失，但国内报道有21%约无痛经。
周期性直肠刺激症状：进行性加剧的周期性直肠刺激症状罕见于其他妇科疾病，是诊断本症最有价值的症侯。直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛、里急后重感和大便次数增多。当病变逐渐加重时，症状日趋明显，而经后症状消失。
月经不调
内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。
性交痛
当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性交痛。阔韧带后叶病灶纤维化增生及收缩明显时，可以外源性压迫输尿管，使其狭窄阻塞，亦可能出现泌尿系统症状，严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。
周期性膀胱刺激症状
当内异症病变累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌层时，会同时出现经期尿急、尿频等症状。若病变侵犯膀胱粘膜（膀胱子宫内膜异位症）则有周期性血尿和疼痛。
巧克力囊肿经期或行经前后的急腹症：一般为卵巢子宫内膜囊肿，有穿破的特点，多数患者因卵巢囊肿扭转或宫外孕而急诊手术。若不手术而好转时，盆腔粘连加重，今后还会反复破裂发生急腹症。
周期性下腹不适
本症状的出现率高于痛经，无痛经的内异症患者常存在于本症状。出现于轻症患者，或某些病变虽较重但由于痛阈的个性差异或其他原因，不产生痛经症状而仅有经期腰酸、下腹坠胀不适感。
腹壁疤痕及脐部的子宫内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。内在型子宫内膜异位症患者往往子宫胀大，但很少超过3个月妊娠。如为后位子宫，往往粘连固定。在子宫直肠窝、子宫骶韧带或宫颈后壁常可触及1-2个或更多硬性小结节，如绿豆或黄豆大小，多有明显的触痛，肛诊更为明显，这点很重要。卵巢囊肿可长至拳大，由于常有囊肿内容物外溢和异位内膜出血，盆腔脏器粘连加重成冰冻盆腔状，即是所谓广泛内异症。病变程度轻重不同时体征差别很大。
B超声象图
B超显象是目前辅助诊断子宫内膜异位症的有效方法，主要用以观察卵巢子宫内膜异位囊肿，其声象图的特征为：囊性肿块，边界清晰或不清。如囊肿周围粘连重，则边界不清；如囊肿与子宫或周围组织粘连少，则边界清晰。囊肿多为中等大小，囊肿内可见颗粒状细小回声，是囊液粘稠表现。有时因陈旧性血块浓缩机化而出现较密集的粗光点图象，呈混合性肿块状。肿块常位于子宫后侧，可见囊肿子宫伴随症。囊肿自发破裂时，声象图示后凹陷，囊肿较前缩小。腹腔镜检查：腹腔镜检查是目前诊断子宫内膜异位症的新标准，通过腹腔镜可直接窥视盆腔，见到异位病灶即可明确诊断，且可进行临床分期，以决定治疗方案。
